Malaria DREAM Challenge sur la résistance aux médicaments: les pré-incriptions sont ouvertes
Le paludisme reste un problème de santé mondiale, en dépit de nombreux efforts coordonnés pour l'éradiquer. Un des obstacles à l'éradication est l'adaptation rapide du parasite aux médicaments antipaludiques, entrainant une résistance à ces médicaments. Pour de nombreux antipaludiques, les mécanismes de résistance sont mal compris. Dans ces conditions, il est difficile de faire face à ces changements évolutifs coûteux. Des rapports récents en Asie du Sud-Est sur la résistance à l’artémisinine — la dernière ligne de défense contre le paludisme multirésistant — suggèrent un revers significatif préoccupant dans les efforts d'éradication. Comprendre l'évolution de la biologie des parasites du paludisme durant l’acquisition d’une résistance peut s’avérer essentiel pour prévenir la propagation de la résistance. Un groupe multipartite a lancé le Malaria DREAM challenge, le premier challenge DREAM qui met l'accent sur un agent de maladie infectieuse et qui cherche à prédire l'évolution de la biologie du paludisme résistant à l’artémisinine.
Le Malaria DREAM Challenge est ouvert à toute personne intéressée à contribuer au développement de modèles informatiques qui traitent des obstacles importants à la lutte contre le paludisme.
L'objectif global du premier Malaria DREAM Challenge est de prédire le niveau de résistance à l’artémisinine d'un ensemble test de parasites du paludisme en utilisant leurs données de transcription in vitro et un ensemble d'apprentissage constitué de transcriptomes in vivo publiés et in vitro non publiés.
L’ensemble de données in vivo se compose d’environ 1000 échantillons de transcription issus de diverses sources géographiques couvrant une large gamme de cycles de vie et de niveaux de résistance, accompagnés d'autres données telles que l'âge du patient, la localisation géographique, la thérapie combinée à base d’artémisinine utilisée, etc. [Mok et al (2015) Science].
L’ensemble de données de transcription in vitro est composé de 55 isolats dont les données de transcription ont été recueillies deux fois après l’invasion (6 et 24 heures après), en l'absence ou en présence d'une perturbation de l’artémisinine, pour deux réplicats biologiques, en utilisant un microréseau personnalisé au laboratoire Ferdig.
À l’aide de ces ensembles de données de transcription, les participants seront invités à prédire trois états de résistance différents de 55 isolats in vitro: les valeurs de concentration inhibitrice à 50% (IC50), la demi-vie de la clairance du patient (PC1/2) et l’état de résistance catégorique (résistant/sensible).
Pré-inscrivez-vous pour faire partie du DREAM Challenge. Pour en savoir plus sur les ensembles de données disponibles et les organisateurs.
Calendrier du Challenge:
Lancement: avril 2019
Soumissions finales: 1 août 2019
Annonce des gagnants: 1 septembre 2019