Javier Gabaldón est un médecin principal spécialisé en médecine tropicale et en santé publique. Il compte plus de 25 ans d'expérience en tant que chef de projet en stratégie, développement et politiques de la réponse médicale et humanitaire, et la politique de la santé et de la recherche dans les pays à revenu faible et intermédiaire. Il possède une connaissance approfondie des infections émergentes, de la santé publique et de l'épidémiologie, ainsi qu'une maîtrise en santé internationale et médecine tropicale de l'Université de Barcelone, avec une formation spécifique en épidémiologie dispensée par l'Institut médical tropical d'Anvers.

En 1992, après avoir travaillé pour des agences des Nations Unies, Javier a rejoint Médecins sans Frontières, en tant que coordinateur médical et chef de mission lors des crises humanitaires au Burundi, au Rwanda, en RDC, en Somalie et en Haïti, entre autres. En 1998, en tant que directeur opérationnel, il a dirigé pendant cinq ans le développement et la mise en œuvre de la stratégie organisationnelle de Médecins Sans Frontières. Il a travaillé dans plus de 30 pays en Afrique, au Moyen-Orient, en Amérique et en Asie. Il a notamment mené des consultations sur le développement sanitaire et humanitaire dans plusieurs pays d'Afrique, d'Amérique centrale et des Caraïbes, pour l'OMS, MSF et l'UE.

Depuis 2016, il a travaillé pour l'initiative Ebola de Médecins Sans Frontières en tant que chef de mission sur la plate-forme de partage de données et la biobanque pour la maladie à virus Ebola et d'autres agents pathogènes émergents.